店舗の売上データを本部システムで合算しようとしたが、「不整合なデータがあります」と表示され合算できない。

本部側のサーバーが正常に動作していない、もしくは本部と店舗間で何らかの通信障害が発生している可能性があります。
サーバーが正常に動作していることや、LANケーブルおよびネットワーク機器の確認をして下さい。