売上や仕入も発生していない商品をマスタから削除したい。

今まで一度も売上・仕入・入庫・出庫が発生していないのであれば問題ありませんが、売上・仕入・入庫・出庫の明細がある場合は商品別の帳票に不整合が生じてきますので削除はしないで下さい。
同様に得意先・分類・担当者・仕入・メーカー等のマスタも削除しないで下さい。