得意先の合計請求書を印刷したところ、一部の得意先が印刷されない。 (売上伝票・見積書・送り状・請求明細も同様です)

フォームの設定が異なっていると思われます。「マスタ管理」→「得意先マスタ」にて発行したいフォームが設定されているか確認して下さい。
※“標準”とは、「システム初期設定」→「フォーム関連」に設定されているものが“標準”のフォームとなります。